Historia Akademii Morskiej w Szczecinie, podobnie jak wyższego szkolnictwa morskiego na Pomorzu Zachodnim, wiąże się nierozerwalnie z historią Wydziału Nawigacyjnego. Propozycja zlokalizowania w Szczecinie szkoły kształcącej kadry dla potrzeb gospodarki morskiej powstała już w grudniu 1945 roku. Z wielu koncepcji realizacji tego zamiaru przeważyło przeniesienie Wydziału Nawigacyjnego z Państwowej Szkoły Morskiej z Gdyni do Szczecina.




Państwowa Szkoła Morska w Szczecinie powołana została 1 stycznia 1947 roku.
W 1949 r. podporządkowano ją Państwowemu Centrum Wychowania Morskiego w Gdyni, a następnie w 1951 r. przekształcono w Nawigacyjne Technikum Morskie. Zarządzeniem ministra żeglugi z dnia 18 lipca 1953 roku technikum zostało postawione w stan likwidacji.



W ciągu 6 lat istnienia Państwowej Szkoły Morskiej i Nawigacyjnego Technikum Morskiego wypromowano 492 absolwentów, wśród nich wielu cenionych oficerów i kapitanów floty handlowej. Z grona absolwentów wywodziło się dwóch ministrów resortu żeglugi, dwóch rektorów oraz wielu naukowców, dyrektorów urzędów morskich i innych przedsiębiorstw gospodarki morskiej.



W związku z dynamicznym rozwojem floty dalekomorskiej i przedsiębiorstw rybackich szkolnictwo morskie w Szczecinie zostało reaktywowane. W roku 1962 powstała Państwowa Szkoła Rybołówstwa Morskiego. W pierwszych dwóch latach jej istnienia prowadzone były dwa równoległe cykle nauczania: 3-letni oraz 5-letni. Szkoła ta prowadziła dwa wydziały: Nawigacyjno-Połowowy oraz Obsługi Maszyn Statków Rybackich. W 1963 roku powołano w Szczecinie nową szkołę – była to pomaturalna Państwowa Szkoła Morska. Kształciła ona kadrę oficerską dla floty handlowej, a nauka trwała trzy lata.



W 1967 r. połączono obydwie szkoły. W ich miejsce powstała nowa pomaturalna Państwowa Szkoła Morska, kształcąca na trzech wydziałach: Nawigacyjnym, Nawigacyjno-Połowowym i Mechanicznym.

Rok później PSM została przekształcona w Wyższą Szkołę Morską z dwoma wydziałami: Nawigacyjnym i Mechanicznym. Działalność dydaktyczną rozpoczęła w roku akademickim 1969/1970. Do roku 1974 prowadzono w niej studia inżynierskie, w latach 1974-89 – jednolite magisterskie, a od roku 1989 dwustopniowe: inżynierskie i magisterskie.
W 2002 r. w Wyższej Szkole Morskiej w Szczecinie został powołany Wydział Inżynieryjno-Ekonomiczny Transportu, do którego z Wydziału Nawigacyjnego przeniesiony został kierunek kształcenia transport.

W roku 1997 Wydział Nawigacyjny uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora w dziedzinie nauk technicznych, dyscyplinie geodezja i kartografia, zaś w 2002 roku uprawnienia takie otrzymał Wydział Mechaniczny (dziedzina: nauki techniczne, dyscyplina: budowa i eksploatacja maszyn). Ustawa o nadaniu Wyższej Szkole Morskiej w Szczecinie nazwy Akademia Morska w Szczecinie z dnia 9 stycznia 2004 r. była podstawą zmiany nazwy uczelni, co stało się 12 marca 2004 roku.
 

W roku 2010 Wydział Nawigacyjny uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora w dziedzinie nauki techniczne, dyscyplinie transport, co umożliwia prowadzenie studiów doktoranckich, a w roku 2015 uzyskał prawo do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk technicznych w dyscyplinie transport. Natomiast w roku 2012 Wydział Mechaniczny otrzymał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk technicznych w dyscyplinie budowa i eksploatacja maszyn.

W 2012 roku uczelnia obchodziła 65-lecie szkolnictwa morskiego na Pomorzu Zachodnim. Głównym  zadaniem Akademii Morskiej w Szczecinie jest kształcenie kadr oficerskich — nawigatorów i mechaników — zgodnie z wymogami współczesnej floty transportowej i rybackiej, oraz szkolenie eksploatacyjnych służb armatorskich i portowych floty morskiej oraz śródlądowej na najwyższym światowym poziomie.
Akademia Morska w Szczecinie od początku swego istnienia prężnie się rozwija i dba o zachowanie najlepszych standardów. Obecnie kształci na trzech wydziałach na studiach inżynierskich, magisterskich i doktoranckich w języku polskim i angielskim. W gospodarce morskiej akademia jest renomowaną jednostką naukową, w szczególności w zakresie inżynierii ruchu morskiego.